#!/bin/bash

rx=$1
in=${rx/rx/in}
in1=$rx.1.in
in2=$rx.2.in

bra="point"
ket="end"

opthead=' $optimize tol=1e-6 step=150 $end'

if [ ! -e $rx  ] ; then echo \? $rx  ; exit 1; fi
if [   -e $in1 ] ; then echo \! $in1 ; exit 1; fi
if [   -e $in2 ] ; then echo \! $in2 ; exit 1; fi

n1=$(sed -n -e '/$molecule/q' -e p $in  | cat -n | sed '1,/control/ d' | grep end | head -1 | awk '{print $1}')
n2=$(($n1+1))
head $in -n $n1                       |
  sed /task/d                         |
  sed '/\$control/ a\ task=optimize'  >  $in1
echo -e "\n $opthead"                 >> $in1
tail $in --lines=+$n2 | sed '/./,$!d' |
  sed -n -e '/$molecule/q' -e p       |
  sed s/\$optimize/optimize/          >> $in1

cp $in1 $in2

          awk "/$bra/{found=1} found{print; if(/$ket/) exit}"   $rx | sed -e 's/IRC>//' >> $in1
tac $rx | awk "/$ket/{found=1} found{print; if(/$bra/) exit}" | tac | sed -e 's/IRC>//' >> $in2